政府・行政刷新会議は、現在、独立行政法人および政府系の公益法人が行なう事業について、事業仕分け第2弾を実施している。
同会議は4月23日（金）、（独）住宅金融支援機構について検討を実施し、住宅資金貸付業務（まちづくり関連）、住宅資金貸付業務（賃貸住宅関連）、住宅融資保険業務については「事業の廃止」を、また証券化支援業務については、「不要資産の国庫返納」と結論づけた。
住宅資金貸付業務については、5名が「廃止」としたが、3名が「事業の実施は各自治体／民間の判断に任せる」、4名が「当該法人が実施し、事業規模は縮減」と意見した。
また、住宅融資保険業務については、1名が「事業の実施は各自治体／民間の判断に任せる」、2名が「当該法人が実施し、事業規模は縮減」、9名が「廃止」と判断した。
証券化支援業務については、「民間の判断に任せる」が2名、「当該法人が実施し、事業規模は縮減」が6名、「当該法人が実施し、事業規模は現状維持」が4名であったが、「出資金が過大に積まれている」とし、「不要資産の国庫返納」と結論づけた。
なお、同機構は証券化支援業務として、民間金融機関による長期・固定住宅ローン「フラット35」などの供給を支援している。